生物科学应用
生物科学应用介绍
作者:Jane Meng   文章来源:bioinf@cnic.cn   更新时间:2015-11-29 16:22:20

生物信息学应用面向科研用户,根据具体要求进行数据的组织、筛选、整合、共享;进行分析程序的改进、整合和效能提高;进行相关WEB化平台的搭建研发:

²  注重应用的数据筛选和分析PIPLINE的整合(如自组合数据和分析流及参数来分析);

²  注重自有数据的保藏和数据分析空间的独立(如数据保藏中,用户自设定公开与否);

²  注重根据用户意愿的数据和分析结果的交换和共享(如组用户共享、选择用户共享);

²  注重数据和分析结果的推送(如系统每天自动按用户自设条件筛选出数据发送给用户);

²  注重数据分析软件效能的提高,并致力于解放用户对格式转化、数据追溯、知识关联性搜索等方面的精力,专注科研!

 

“达尔文树”——分子数据分析应用环境

DarwinTree——Molecular Data Analysis and Application Environment

  网址:http://www.darwintree.cn
  合作单位:中国科学院植物所、中国科学院计算机网络信息中心、深圳中科院仙湖植物园
  简介:DarwinTree目前已实现面向整个中国陆地植物的rbcLatpBmatK等基因数据从国际公共数据库(NCBIDDBJEMBL)的自动获取、数据清洗,方便科研工作者实时了解当前数据状况;拥有自测基因数据的提交、整理功能,保证科研成果未发表前的数据挖掘,从而实现公共、私有数据的结构化和整合化。平台实现系统树的流程化构建,整合数据抽提、多序列比对、编辑清洗、分模型构树、组装评估、可视化编辑等一系列公认的分析算法和模型,通过若干交互界面,保证系统树的自动生成、辅助实验决策。

Myopia:近视组学数据系统

  网址:http://myopia.csdb.cn/
  合作单位:中国科学基因组所、中国科学院计算机网络信息中心、温州医学院
  简介:Myopia is the most prevalent refractive error worldwide, and its incidence have been significantly increasing in recent years. It will perhaps torture one-third of the world’s population by the end of this decade. Myopia is a vision condition of eye where the images of distant objects are brought to focus in front of the retina rather than on it which results in blurred vision. The individuals with high myopia (usually defined as eyes with ≥ 6 diopters of myopia) have a greatly increasing risk of glaucoma,macular degeneration, retinal detachment, retinal degeneration and even blindness. Myopia is reported as a major cause of visual impairment, but its mechanism has yet to be elucidated. Omics’ platform including genomics, transcriptomics, proteomics and metabolites of various animal models and human myopia will facilitate unraveling the complicated progression and underlying mechanisms of myopia.

IPIP:有害生物分子综合鉴定平台
  网址:http://ipip.csdb.cn/
  合作单位:深圳中科院仙湖植物园、中国科学院计算机网络信息中心
  简介:DNA条形码为物种的快速、准确鉴定和植物分类学在基因组时代的发展带来了新的机遇,在生物物种(特别是在标本不全或残缺的情况下)鉴定、隐性种的发现、外来有害物种检疫等方面具有广泛的应用前景。本项目针对有害生物,根据DNA条形码的特点,结合参与研究单位的区域和研究特色,通过有效地组织研究团队,研究并构建相关生物DNA条形码系统并结合传统形态鉴定进行的综合鉴定平台。

微生物领域云
  网址:http://cloud.im.ac.cn/
  合作单位:中国科学院微生物研究所、中科院网络信息中心
  简介:微生物是未来经济、社会可持续发展必不可少的战略资源和技术源泉。开拓新的微生物资源、发展微生物生物技术、实现其产业化应用,已成为维护国家利益与国家安全的重要战略手段。基于微生物的先进生物制造,已经被列入我国战略性新兴生物产业的重点发展领域。本项目的核心任务是结合中国科学院应用微生物研究网络、全国科学院联盟应用微生物分会和世界微生物数据中心等一系列在微生物资源及其开发应用领域的重要研究布局和组织体系的建设,针对微生物资源挖掘、微生物技术开发和生物产业应用价值链中的各个环节,建立一个整合的微生物领域云,以云技术为手段,全面促进和提升在此过程中的数据积累、挖掘和共享;帮助解决微生物研究中的大规模组学数据分析、代谢网络模型构建、计算机模拟微生物细胞工厂等以数据和计算为核心的重要科学问题;开发服务于微生物学家的个性化信息服务,建立技术成果的转移平台,实现从技术到产业的无缝对接。从而探索出一条切实可行的,利用云技术,全面切入并促进从资源到产业的科研创新价值链的新模式。

重大疾病多组学数据平台
  合作单位:中科院网络信息中心、中国科学院广州生物医药与健康研究院
  简介:建设基于针对重大疾病的多组学大数据平台集成与应用,服务于干细胞与免疫治疗多组学大数据的平台开发、基于肿瘤干细胞及针对重大传染病的大数据平台的信息化构建,以全面实现干细胞研究领域、生物医药研究领域及基于物联网的科学数据采集的海云信息系统集成环境,建成重大疾病多组学大数据平台,面向科研机构及企业进行应用服务。

 

 

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